El juego constaba de varios niveles, cada uno con su propio conjunto de desafíos y peligros. Los jugadores debían recoger monedas y objetos especiales mientras esquivaban a los depredadores y superaban obstáculos.
Un día, mientras el granjero estaba distraído, los pollitos decidieron hacer una fuga masiva. Se agruparon en secreto y planearon su escape. El líder del grupo, un pollito llamado Pepito, tenía un plan infalible.
Después de una batalla épica, los pollitos lograron derrotar al zorro y reclamar el tesoro. Habían completado "Pollitos en Fuga 03: Juego Exclusivo" y se habían convertido en los héroes del granjero.